Pesantren ini berdiri secara resmi pada Tahun 2015 tepatnya sejak permulaan Tahun Ajaran 2015/2016. Gagasan pendirian pondok pesantren modern dengan nama PPM MBS BUMIAYU Berawal pada tahun 2012 Alm. Bapak H. Faruk M Harharah dari Jakarta mewakafkan sebidang tanah berlokasi di Jalan Kauman No.05 Desa Bumiayu Kecamatan Bumiayu, seluas kurang lebih 3500 m2 (ditambah terus-menerus oleh Almarhum sehingga kini menjadi 6500m2) beserta bangunan yang berdiri diatasnya lengkap dengan isinya untuk sarana pendidikan kepada PRM Bumiayu. Kemudian PRM membentuk panitia pembangunan gedung pesantren yang dikomandoni oleh bapak Abdul Karim Nagib.
Setahun kemudian setelah sebagian gedung berdiri dan layak, pada Jum’at 14 Nopember 2014, PRM Bumiayu dan Bapak Abdul Karim Nagib membentuk panitia persiapan tahun ajaran baru yang tugasnya menjaring calon guru atau ustadz dan calon santri. Santri angkatan pertama yang mendaftar sebanyak 41 orang untuk tingkat SMP terdiri dari 20 santri putra dan 21 santri putri.
Sekaligus panitia tersebut mengurus ijin pendirian ke kantor dinas terkait atas nama PRM Bumiayu. Alhamdulillah Melalui proses yang terhitung cepat pada tanggal 24 Agustus 2015 keluarlah Surat Keputusan Kepala Dinas Pendidikan Kabupaten Brebes dengan Nomor: 421.2/0684/2015 untuk SMP MBS Bumiayu. Dan pada tanggal 30 Nopember 2015 keluar Surat Keputusan Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Brebes dengan Nomor: Kd.11.29/3/PP.00.7/3824/2015 Tentang Ijin Operasional Pondok Pesantren Modern MBS Bumiayu. Dari awal berdiri hingga saat ini, Pesantren kami belum menerima dana untuk pembangunan gedung maupun pembebasan lahan dari pihak manapun. Karena seluruh tanah dan bangunan pesantren MBS Bumiayu di tanggung sepenuhnya oleh beliau Alm. Bapak H. Faruk M Harharah dan dilanjutkan oleh putra-putra Almarhum yang bernama Bapak. H. Ibrahim Bin Faruk M Harharah, dan Bapak. H. Muhammad Bin Faruk M Harharah, serta Bapak. H. Saleh Bin Faruk M Harharah sampai dengan tahun pelajaran 2019/2020.
Selanjutnya dengan memohon rahmat Allah Subhanahu wata’ala, pada tahun pelajaran 2020/2021 dan seterusnya pesantren ini mulai mandiri dalam program pengembangan yang sedang dilaksanakan yaitu dengan membangun beberapa lokal dan berencana membangun kampus 2 yang diperuntukan buat santri putra. Kemudian pada tahun pelajaran 2020/2021 pula, atas dasar aspirasi dari masyarakat, Wali Santri dan santri yang menginginkan adanya pendidikan berkesinambungan di MBS Bumiayu, maka pada bulan Januari tahun 2020 MBS Bumiayu membuka pendaftaran santri baru jenjang pendidikan SMA dengan menginduk pada SMA Muhammadiyah Bumiayu sampai dengan saat ini.